1977年，肖晓琳考入北京广播学院（中国传媒大学）的播音系。毕业后，她回到长沙进入市广播站。此后长沙市人民广播电台成立，肖晓琳成为第一批播音员。
1985年初，长沙市电视台成立，肖晓琳又成为市电视台第一批播音员。
1987年，考上了中国社会科学院研究生院新闻系。
1988年，肖晓琳调入中国中央电视台担任节目主持人和制片人，并参与报道以针砭时弊为目的的栏目《观察与思考》。
1989年，肖晓琳曾短暂主持过《新闻联播》。
1995年，肖晓琳赴美国犹他州州立大学新闻系学习两年，回国后创办了《今日说法》节目。1997年，担任央视法制节目《社会经纬》主持人。
1999年，主持了《焦点访谈》与《半边天》等栏目，同年，其创办的法制栏目《今日说法》的收视率位居专题类栏目第一、观众满意度第一。离开《今日说法》后，肖晓琳又创办了《讲述》节目，该节目后来成为了中央电视台十套的标志性栏目。2001年，肖晓琳被提名第五届“金话筒”金奖。
2017年2月，肖晓琳参加“中央电视台社会与法频道”年会，并进行了退休演讲。
2017年6月，肖晓琳因患结肠癌在美国治病，期间，在儿子家中离世，终年54岁。其遗言为：要宣传，不要像我一样忽视健康。你们健康、长寿，我就在。感谢你们！